ความทรงจำที่ดีที่สุด เก็บไว้ในไดอะรี่
H5N1 primer design
1. ยีนที่ใช้ในการออกแบบ Primer ของ avian influenza virus คือส่วนของ Hemagglutinin ซึ่งทำหน้าที่ในการยึดเกาะกับเซลล์โฮลต์และทำให้เกิดการ Fusion ระหว่าง Cell membrane และ envelope ซึ่งเป็นขั้นตอนที่สำคัญในการเข้าสู่เซลล์โฮสต์ และยังมีคุณสมบัติเป็น antigen ที่สำคัญในการกระตุ้นให้ร่างกายสร้างภูมิคุ้มกัน และยังใช้ในการจำแนก subtype โดยอาศัยความแตกต่างของ Hemagglutinin
2. การออกแบบ Primer ของ avian influenza virus ที่พบในประเทศไทยโดยใช้เครื่องมือทาง ชีวสารสนเทศ มีขั้นตอนดังนี้
2.1 ค้นหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของ Hemagglutinin gene ของ avian influenza จากเว็บไชต์ National Center for Biotechnology Information (NCBI)
2.2 จัดเรียงลำดับเบสดีเอ็นเอ (DNA sequence alignment) เพื่อหาส่วนที่มีความหลากหลาย หรือแตกต่างน้อยที่สุด โดยใช้โปรแกรม BioEdit
2.3 ออกแบบ Primer โดยใช้โปรแกรม Primer3
2.4 Input sequence ที่ได้จากการทำ Alignment (consensus sequence)
2.5 แสดงผล
3.เมื่อได้ Primer แล้ว นำมาตรวจสอบความจำเพาะของ primer คร่าวๆโดยการนำลำดับเลขของ primer ที่ออกแบบเทียบกับลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดใน GenBank โดยใช้โปรแกรม BLAST โดยเริ่มจากการนำ LEFT PRIMER BLAST ก่อน
4.ทำการ BLAST RIGHT PRIMER เช่นเดียวกันกับ LEFT PRIMER ได้ผลดังนี้
จะเห็นว่าเมื่อนำ primer ที่ออกแบบเสร็จแล้ว มาเปรียบเทียบกับเส้นลำดับนิวคลิโอไทด์ในฐานข้อมูล primer สามารถจับได้เฉพาะเส้นลำดับนิวคลีโอไทด์ของ influenza virus A subtype H5N1 เท่านั้น แสดงว่า primer ที่ออกแบบนั่นค่อนข้างมีความจำเพาะ
ไดอะรี่นี้สนับสนุนให้อ่านโดยไม่ต้องคอมเมนท์ก็ได้
ใครที่คอมเมนท์มาพีทจะกลับไปอ่านแต่อาจไม่ได้คอมเมนท์
คอมเมนท์ทุกวันมีไว้สำหรับให้คนน่ารักอ่าน
เวลาทำแล็ป มาขอคำปรึกษาได้ป่ะคะ ^^
เรียนอย่างเดียว ยังไม่เคยออกแบบ premer เองเลยอ่ะ = ="
อีกอย่าง คนละสายด้วย แหะๆๆ
เลยมะค่อยเข้าใจเท่าไหร่
แต่ก้อนะ เปนคนใจดีนะคะเนี่ย
นับถือๆๆ
ปิ๊กกี้
แต่จริงๆเราแทบจะไม่ได้ใช้ภาษาเยอรมันในการทำงานเลย แหะๆๆ ;)